El Archivo del Patronato de la Alhambra y Generalife es el resultado de las diversas instituciones que han tenido su sede en el Conjunto Monumental, desde la Capitanía General del Reino de Granada y Alcaidía de la Alhambra, hasta los patronatos de la Alhambra y Generalife, el primero gestionado por la Administración Central del Estado, y el actual, como organismo autónomo de la Junta de Andalucía.
La Alcaidía de la Alhambra y la Capitanía General fueron los núcleos básicos de la administración de la Alhambra desde 1492 y, por tanto, los organismos encargados de la emisión y recepción de los documentos más antiguos que conserva el archivo. Tenían competencia sobre las diferentes capitanías del reino de Granada y los soldados a ellas asignados, con jurisdicción civil y criminal sobre soldados, y habitantes de la Alhambra. Por último, se encargaba de las obras en los palacios Árabes y la construcción del palacio de Carlos V.
La Alhambra evoluciona y tras la salida de la familia Tendilla, queda a cargo de gobernadores, o militares, pero será a finales del S. XVIII cuando aparece dentro de la organización administrativa un elemento más, es el de conservador del Monumento.
En 1869, por ley de extinción del Patrimonio de la Corona, la Alhambra se convierte en Patrimonio del Estado. A partir de este periodo la documentación del archivo siempre procederá o será remitida a órganos administrativos de la esfera cultural y en estos primeros momentos serán controladas sus actuaciones por la Comisión Provincial de Monumentos Histórico-Artísticos de Granada.
Desde 1914, con la creación del Patronato de la Alhambra, hay un nuevo cambio importante, quedando la gestión del mismo a cargo de funcionarios adscritos a las labores de conservación y restauración de los edificios.
Con el cambio político que se produce en el ámbito nacional con la creación del estado de las autonomías, la Alhambra pasa a ser gestionada por la Junta de Andalucía.
La Historia del Archivo de la Alhambra ha estado llena de vicisitudes: abandono, segregación, cambios de ubicación, pérdidas de documentación, etc. En un principio el archivo estaba cuidado por los veedores y contadores, quienes tenían la responsabilidad de su custodia, aunque en otras ocasiones estuvo en casa del alcaide.
Entre 1803 y 1835 los documentos del Archivo de la Alhambra se segregan, transfiriéndose al Archivo General de Simancas, a la Intendencia General de Hacienda y a la Capitanía General. Debido al cambio administrativo de 1868, y en un completo desorden, lo que quedaba del Archivo de la Alhambra fue llevado al Convento de la Trinidad, donde tenía su sede la Intendencia Provincial de Hacienda.
La Comisión Provincial de Monumentos Histórico-Artísticos de Granada, en abril de 1872, reclama al Ministerio de Instrucción Pública, la devolución del archivo que está en poder de Hacienda. Manuel Gómez Moreno recoge el archivo y lo traslada de nuevo a la Alhambra, donde instala 300 legajos, y redacta en 1886 un inventario.
En 1923 Leopoldo Torres Balbás realiza un proyecto e instala el archivo en la parte alta de dicha casa de los Gobernadores.
En 1949 se realiza el proyecto de Prieto Moreno de archivo y biblioteca en el palacio de Carlos V, pero con motivo de la rehabilitación parcial del Palacio de Carlos V en 1994, se rehabilitó el edificio Nuevos Museos de la Alhambra, donde se trasladó el Archivo y Biblioteca de la Alhambra, un edificio situado cerca de los jardines del Generalife, del pabellón de acceso y de los aparcamientos.
Desde 1994 se creó en las oficinas del Patronato un archivo administrativo que se transfirió en su totalidad en julio de 2007 al edificio Nuevos Museos de la Alhambra.
En enero de 2010 se trasladan los fondos y colecciones del Archivo y Biblioteca de la Alhambra a un depósito provisional, construyéndose las nuevas instalaciones, que desde finales de 2013 y principios de 2014 alberga unas instalaciones modernas, y con todas las medidas de seguridad y conservación.
Desde ese edificio rebautizado como edificio Fuente Peña, asesoramos y orientamos en la actualidad a nuestros usuarios.