La creación del Archivo General de Andalucía estaba ya contemplada en la Ley 3/1984, de 9 de enero, de Archivos de Andalucía. Pero para su creación efectiva habría que esperar a la aprobación del Decreto 323/1987, de 23 de diciembre. Se establecía su sede en la ciudad de Sevilla, y sus dependencias fueron ubicadas, con carácter provisional, en el edificio de los antiguos juzgados de Sevilla, sede del Archivo Histórico Provincial de Sevilla, en la calle Almirante Apodaca, 4.
La Ley 7/2011, de 3 de noviembre, de Documentos, Archivos y Patrimonio Documental de Andalucía, que en su artículo 45, confirma al Archivo General de Andalucía como "el archivo intermedio e histórico para los archivos centrales de cada consejería de la Junta de Andalucía, los archivos centrales de las entidades instrumentales de la Administración de la Junta de Andalucía que ejerzan sus competencias en más de una provincia y los archivos de las instituciones de autogobierno de la Comunidad Autónoma reseñados en el capítulo VI del título IV del Estatuto de Autonomía para Andalucía".
Es decir, como archivo intermedio recibe las transferencias de documentos administrativos de más de diez años de antigüedad desde los archivos centrales de las instituciones mencionadas, a la espera de su eliminación o conservación permanente. Como archivo histórico conserva, custodia y pone en servicio los documentos administrativos autonómicos que alcanzan la categoría de conservación permanente. Igualmente, preserva otros fondos, públicos y privados, ingresados por diversos conceptos y circunstancias, pero que se consideran valiosos para la Comunidad autónoma. Igualmente, reproduce, salvaguarda y pone a disposición pública reproducciones digitales o en microfilm de documentos custodiados en otros archivos. Por todo ello se constituye en el gran centro de la memoria documental de Andalucía.
El cumplimiento de sus funciones se vio dificultado por la provisionalidad de su ubicación física. Para paliar esta circunstancia, en 1997 se alquiló un local en la Isla de la Cartuja, al tiempo que se sucedían diversos proyectos para el establecimiento de su sede definitiva en distintos edificios, como el Hospital de las Cinco Llagas (1987), la Fábrica de Artillería (1991-93), el monasterio de San Isidoro del Campo (1996) o las Reales Atarazanas (1998), entre otros.
Finalmente, se decide su ubicación en el ala norte del Pabellón del Futuro de la Expo¿92. Y así, en junio de 2021, se cumple uno de los grandes proyectos de la política autonómica, al culminarse el traslado del Archivo General de Andalucía a las nuevas instalaciones. Sus más de 37 kilómetros lineales de estanterías automatizadas, sus depósitos especiales para diversos tipos de formatos, sus áreas de tratamiento técnico de los documentos que incluyen taller de restauración, la sala de consulta de mayor capacidad de Andalucía, así como sus espacios expositivos, garantizan su adecuación a los servicios que debe prestar este centro, y permiten unificar en la nueva sede todas las instalaciones dispersas anteriormente.
Con ello se logra una sede digna y representativa para una institución que es:
- Un servicio administrativo esencial para hacer efectivos los derechos y deberes de los poderes públicos y de los ciudadanos en el marco tanto de una Administración en papel como electrónica.
- Una institución imprescindible de la Administración democrática y de los derechos de la ciudadanía.
- El único archivo histórico de titularidad autonómica.
- El depositario de la memoria autonómica, de la Memoria Democrática y de la historia de Andalucía.
- Un centro cultural de patrimonio documental de primer orden.