Las primeras diligencias dirigidas a la implantación del Archivo Histórico Provincial de Córdoba son de 1944, cuando el alcalde, don Antonio Luna, presenta una moción que es aceptada por el Patronato para el fomento de Archivos, Bibliotecas y Museos de Córdoba. Este acuerda por unanimidad, el 6 de julio de 1946, solicitar al Ministerio de Educación Nacional la creación del Archivo, lo que tiene lugar por Orden Ministerial de 17 de julio de 1946.
Tras su puesta en marcha, el centro inicia una andadura irregular, ya que no se le dota de edificio. En octubre de 1952, su directora, Pilar Sáenz-López, habla de "anomalías [que] han presidido la creación del Archivo Histórico, [¿] limitada a la colocación de una placa en el Archivo de Protocolos". Y en marzo de 1953 se queja de un Archivo "todavía no entregado al Cuerpo, al cargo del notario archivero, que es el que lleva dicho establecimiento sin que la directora oficial intervenga para nada". Las primeras transferencias de documentación, protocolos notariales de los distritos de Aguilar de la Frontera, Montero y Castro del Río, así como los de Guadalcázar hasta entonces en manos privadas, se producen en 1952, sin supervisión del Cuerpo Facultativo, bajo el control del notario archivero. Estos fondos quedan en el Archivo de Protocolos de Córdoba, pasando al Archivo Histórico en el año 1990.
Ante las urgentes demandas de espacio, en 1962 se decide alquilar provisionalmente un local en la calle Luis Ponce de León para depositar los fondos, trasladándose en mayo de 1964 los primeros documentos desde el Archivo de la Delegación de Hacienda (documentación de Hacienda de más de 25 años, fondo de Jefatura Agronómica y Contadurías de Hipotecas de algunos municipios). Debido a las condiciones ambientales, dimensiones y medidas de seguridad del local, se sigue buscando edificio para sede definitiva. Y a final de la década de los setenta se encuentra la que va a ser su sede actual, la iglesia de Santo Domingo de Silos, iniciándose en noviembre de 1980 las obras de adaptación del edificio. En 1984 y ya a cargo de Esther Cruces, el Archivo se traslada a su nuevo emplazamiento.
Son dos los inmuebles que se han reconstruido y acondicionado para Archivo Histórico Provincial.
El depósito de documentos está ubicado en la antigua iglesia de Santo Domingo de Silos, una de las catorce que fundó Fernando III al reconquistar la ciudad en el siglo XIII. Fue parroquia hasta 1782 en que se fusiona con la vecina de El Salvador, instalándose en la iglesia del colegio de Santa Catalina de la Compañía de Jesús, siendo desamortizado el edificio en el siglo XIX y pasando a manos privadas. Se levantó sobre alguna edificación romana, como prueba la excavación en su subsuelo del mosaico de ¿Las Cuatro Estaciones¿, datado a fines del siglo IV o principios del V. Mantiene su primitiva estructura de tres naves separadas por arcos apuntados y en la nave central se conserva parte del antiguo artesonado mudéjar. También se conserva la torre, cuya conformación actual parece datar de 1762, hoy propiedad particular.
La capilla de Nuestra Señora de la Concepción, que sirve de nexo de unión entre los dos inmuebles que componen el Archivo, fue fundada en 1397 por el jurado Juan Pérez, escribano mayor de la ciudad, y es denominada de los Escribanos porque allí se constituyó la cofradía de estos. Es una capilla funeraria de planta rectangular, construida en piedra que conservan marcas de cantero. Los arcos de la cubierta arrancan de ménsulas con representaciones de cabezas de felinos muy esquemáticas y decoraciones florales, realizadas con incisiones y técnica muy tosca.
El segundo edificio es una casa de estilo barroco andaluz y en él se ubican la sala de consulta, despachos, secretaría, sala de clasificación y de reproducción. La puerta de entrada es original, así como las rejas de las ventanas y balcones exteriores. El patio es cuadrado con tres columnas de mármol rojo de Cabra que sostienen cuatro arcos, cuyos intradoses están decorados con pinturas al fresco imitando dovelas de mármol. Los balcones interiores de la primera planta, así como el cerramiento de la escalera, son de cristaleras de pequeños rombos de cristal emplomados, común en muchas casas cordobesas. La configuración actual del edificio tiene lugar a partir del año 1725, cuando se dona a la Cofradía de Nuestra Señora de los Dolores y la Buena Muerte, que tenía su sede en el colegio de la Compañía de Jesús. A fines del siglo XVIII, pasó a la ¿Junta de Caridad de la Cárcel¿ y posteriormente a la ¿Asociación del Buen Pastor para el auxilio de los presos pobres¿, a quién perteneció hasta que fue desamortizada y vendida a particulares en el año 1859.