El Registro de Aguas es un Registro Público, en el que se inscriben los derechos al uso privativo de las aguas, adquiridos por sus titulares por disposición legal o concesión administrativa. La inscripción en el Registro de Aguas, constituye medio de prueba y situación de la existencia del derecho, pudiendo solicitarse a la Consejería de Agricultura, Ganadería, Pesca y Desarrollo Sostenible las oportunas certificaciones sobre su contenido.
Conforme lo establecido en el Texto Refundido de la Ley de Aguas, los Organismos de cuenca son los encargados de llevar un Registro de Aguas, en el que se inscriben de oficio las concesiones de agua, así como los cambios autorizados que se produzcan en su titularidad o sus características.
Por otro lado, el Reglamento del Dominio Público Hidráulico desarrolla los criterios a considerar en el Registro de Aguas. Éste consiste en una estructura informática de datos que posibilita la organización de la información relativa a los aprovechamientos de aguas y permite la emisión de certificaciones sobre las inscripciones. El Registro se organiza en tres secciones que se designan con las letras A, B y C, anotándose en ellas, respectivamente, los siguientes tipos de aprovechamientos:
- Sección A: concesiones de aguas superficiales o subterráneas, reservas legalmente constituidas a favor de los organismos de cuenca, derechos adquiridos por prescripción o por otro título legal, y autorizaciones especiales a que se refiere el artículo 59.5 del Texto Refundido de la Ley de Aguas, y otros aprovechamientos provenientes del Anterior Libro de Registro de Aprovechamiento de Aguas Públicas.
- Sección B: aprovechamientos privativas de aguas públicas por disposición legal (aguas pluviales, pozos y manantiales de hasta 7.000 m/año, situados dentro de la misma finca).
- Sección C: aprovechamientos temporales de aguas privadas, que se acogieron a la Disposición Transitoria de la Ley de Aguas.
De acuerdo con la Disposición Transitoria Sexta del Texto Refundido de la Ley de Aguas, la Consejería de Agricultura, Ganadería, Pesca y Desarrollo Sostenible debe revisar las características de las inscripciones del antiguo Registro de Aprovechamiento de Aguas Públicas, anteriores a la Ley de Aguas de 1985, para su incorporación al Registro de Aguas.
Así mismo, se lleva un Catálogo de Aguas privadas, que consiste en un inventario de aprovechamientos de aguas calificadas como privadas por la Ley de Aguas de 1879, cuyos titulares optaron por mantenerlas en tal régimen, y no optaron por su inclusión en el Registro de Aguas. Los titulares de aguas privadas inscritas en el catálogo no gozarán de la protección administrativa que se deriva del Registro de Aguas.