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Andalucía lleva desde los años 70, desarrollando una importante actividad investigadora en el campo de la acuicultura. Con la entrada en vigor del Decreto 2595/1974, se aprobó el Plan de Explotación Marisquera y de Cultivos Marinos (PEMARES); donde uno de los objetivos de este plan, era impulsar la investigación para poder implantar mejores técnicas de cultivo. Desde ese momento, se han desarrollado numerosos proyectos en los dos centros de investigación existentes, Centro IFAPA El Toruño y Centro IFAPA Agua del Pino, ambos adscritos a la Consejería de Agricultura, Pesca y Desarrollo Rural.
Los resultados de dichas investigaciones han sido clave para el desarrollo de la acuicultura en Andalucía, debido a que han aportado los conocimientos científicos e información técnica de cultivo, trasladándola de un nivel de investigación experimental a un nivel piloto y con posterior aplicación al sector empresarial.
A nivel estatal, dependientes del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) encontramos el Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía (ICMAN) ubicado en Puerto Real (Cádiz). Dicho Instituto, dispone de un grupo de trabajo de acuicultura que desde los años 70 están centrado en avanzar en el desarrollo de tecnologías de cultivo.
Por otro lado, existe desde el año 2007 el Centro Tecnológico de la fundación Ctaqua cuyo objetivo se centra en dar respuesta a las necesidades empresariales del sector acuícola, mediante el desarrollo de una investigación aplicada a diferentes procesos productivos.
Respecto a la oferta formativa en acuicultura, la Comunidad Autónoma de Andalucía ofrece: