La sociedad onubense no quedó libre de las numerosas catástrofes que de forma recurrente actuaban en el Antiguo Régimen como reguladores naturales de la población. Las endemias, hambrunas y epidemias se cebaban de forma habitual sobre una población cuya producción estaba orientada hacia la subsistencia, de forma que una carestía o una mala cosecha suponían una malnutrición de alto riesgo para que cualquier epidemia causara auténticos estragos. Las pestes de 1649 y 1800, especialmente virulentas, fueron recordadas durante mucho tiempo.
La naturaleza originó igualmente a lo largo de la historia una serie de catástrofes, algunas especialmente intensas como el famoso terremoto de Lisboa, de 1755, de fatales consecuencias para toda la Andalucía más occidental, y especialmente para la provincia onubense.
Los casos de Huelva capital y de otras localidades ribereñas han sufrido además de forma regular los embates del mar en forma de frecuentes inundaciones, más o menos catastróficas, y que prácticamente no han llegado a cesar totalmente hasta la actualidad.
