El carácter privado de los archivos familiares, señoriales o de empresa no impide que los documentos que custodian puedan formar parte del Patrimonio Documental de Andalucía. Así lo recoge la Ley 7/2011 (BOJA núm. 222 de 11/11/2011) que extiende la condición de Patrimonio Documental de Andalucía a los documentos de los archivos familiares, señoriales y de empresa que tengan 100 años o más.
Por otro lado, este carácter privado no impide que puedan formar parte del Sistema Archivístico de Andalucía.
Ya la Ley de Archivos de Andalucía de 1984 (BOJA núm. 4 de 10/01/1984), declaraba que “formarían parte también del Sistema Andaluz de Archivos los que se integren en el mismo según el procedimiento previsto".
El Reglamento de Organización del Sistema Andaluz de Archivos aprobado por Decreto 73/1994 (BOJA nº 70 de 18/5/1994), dispuso que esa integración se haría por Orden de la Consejería de Cultura, previa solicitud de los titulares y, en virtud de este decreto, se integró en el Sistema Andaluz de Archivos el Archivo Histórico de Comisiones Obreras por Orden de 4 de julio de 1994 (BOJA núm. 126 del 10 de agosto de 1994).
Posteriormente, el Reglamento del Sistema Andaluz de Archivos (BOJA núm. 43 de 11/4/2000) contempló que sería una orden de la consejería la que regulara el procedimiento de integración de archivos de naturaleza privada en el Sistema.
Finalmente, la Orden que regula el procedimiento de integración en el sistema es la Orden de 16 de junio de 2004 (BOJA núm. 133 de 8 de julio de 2004), por la que se regula el procedimiento para la integración de archivos de titularidad privada en el Sistema Andaluz de Archivos.
En virtud de esta orden se han integrado en el Sistema Archivístico de Andalucía los siguientes archivos privados:
Los archivos de titularidad privada y otros archivos no integrados en el Sistema Archivístico de Andalucía, pueden solicitar su inclusión en el mismo de acuerdo con el procedimiento establecido en el artículo 51 de la Ley 7/2011, de 3 de noviembre, de documentos Archivos y Patrimonio Documental de Andalucía así como en la Orden de 16 de junio de 2004, por la que se regula el procedimiento para la integración de archivos de titularidad privada en el Sistema Andaluz de Archivos.