Además de fomentar la participación de entidades andaluzas en programas europeos e internacionales, la Agencia ha participado como socia en varios proyectos de investigación:
- SISOB
- FOOD SME HOP
- TRAFOON
- NOVIWAM
- EDECON
- NET4SOCIETY
- CESEAND
- AGRIFORVALOR
- TWIST
- INNOBROKER
- STUPS
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